Was macht Transform?
Ich finde daß Excel ausgezeichnet dafür geeignet ist Sequenzen und Alignments schön darzustellen - allerdings muß jedes Zeichen in einer eigenen Zelle sein.


Daher schrieb ich ein kleines Hilfsprogramm in REALbasic daß oft benötigte Text- und Sequenztransformationen durchführt::

  • Tab vor / hinter jedem Zeichen einfügen
  • Zeilenumbruch nach jedem Zeichen einfügen
  • nur die Buchstaben a-Z behalten
  • In Blöcken formattieren: 3, 10, 50, 100
  • Leerzeichen entfernen (am Zeilenanfang / am Zeilenende / mehrfache)
  • DNA Sequenz umdrehen / complementieren / invertieren
  • DNA Sequenz übersetzen (Leseraster 1 / 2 / 3)
  • Protein in die menschliche / E. coli DNA zurückübersetzen (mit den am häufigsten benutzten Codons)
  • 3-Buchstaben Aminosäure-Code in 1-Buchstaben-Code übersetzen
  • 1-Buchstaben Aminosäure-Code in 3-Buchstaben-Code übersetzen (mit Leerzeichen oder Tabs)
  • Proteinsequenz-Informationen berechnen
... und viel mehr

Falls Sie weitere Transformationen wünschen lassen Sie es mich bitte wissen.

Transform is donationware:

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Herunterladen:

Eine MacOS X Version gibt es
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eine MacOS 8.5 oder 9 Version
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eine Win98/Me/2000/XP Version
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und eine Linux Version
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Version history

0.11
  • added HTML menu
  • added “turn selected text into ordered list”
  • added “turn selected text into unordered list”
0.9.9
  • Format sequence as FASTA (keep only A-Z, add > as first line)
  • backtranslate into degenerate DNA sequence
  • added info windows for IUPAC, Amino Acids, Genetic code, Polymerases